時計を合わせるにはntpdateというパッケージを使います。
debianではntpdate-debianというコマンドが使えます。
$ sudo apt-get install ntpdate
$ sudo ntpdate-debian
これでNTPサーバに問い合わせて時計を合わせてくれます。
/etc/default/ntpdateファイルを編集すればNTPサーバを変更できます。
ついでにcrontabの設定もしておきます。
$ sudo crontab -e
0 0 1 * * ntpdate-debian
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